Zajišťuje klinicko-biochemická, mikrobiologická, imunologická, alergologická, sérologická, molekulárně biologická a cytogenomická a hematologická vyšetření a konsultační a konsiliární služby v oboru klinická biochemie, cytogenomika, klinická imunologie a alergologie – laboratorní problematika, hematologie, lékařská mikrobiologie včetně konzultace terapie a schvalování předepsaných antibakteriálních, antimykotických a antivirových přípravků. Podílí se na pregraduální a postgraduální výuce a vědecko-výzkumných úkolech 1. LF UK a VFN.

Nové metody: HBV genotypizace, HBV DR – léková rezistence, HBV PRE-CORE, HPV PCR, železo v moči, volné lehké řetězce kapa a lambda, železo a měď v játrech AAS, cystatin C, parametry reprodukční imunologie, vyšetření intracelulárních cytokinů, chemokinových receptorů a kostimulačních molekul, chemiluminiscenční vyšetření protilátek.

Laboratoře klinické mikrobiologie a ATB centrum, laboratoře klinické imunologie a alergologie VFN a izotopová laboratoř III. interní kliniky VFN byly 4. října 2004 začleněny do ÚKBLD. Od 1. dubna 2009 patří pod ÚKBLD také Centrální hematologické laboratoře a trombotické centrum. Ústav je pro vybraná pracoviště držitelem osvědčení o akreditaci dle normy ČSN EN ISO/IEC 17025 a ČSN EN ISO 15189. Ústav získal jako první v ČR mezinárodní certifikát The Fetal Medicine Foundation, renomované britské instituce, pro správnou laboratorní práci a zajištění kvality při screeningu v prvním trimestru těhotenství jako první v ČR.