Klinika gynekologie, porodnictví a neonatologie 1. LF UK a VFN v Praze se nachází v historické budově bývalé Zemské porodnice v Apolinářské ulici. K základním úkolům tohoto pracoviště patří léčebná, pedagogická a vědecko-výzkumná práce. Klinika má tři hlavní části – gynekologickou, porodnickou a neonatologickou. Pracují zde jak zaměstnanci VFN, tak i 1. LF UK. Klinika patří mezi největší zařízení svého druhu v ČR a v Evropě a je jednou z největších součástí VFN v Praze.

Klinika svojí diagnostickou a léčebnou činností pokrývá všechny subspecializace oboru gynekologie, porodnictví a neonatologie. Klíčovými provozy jsou perinatologie a fetální medicína, společně s neonatologií, centrum asistované reprodukce, endoskopie, onkogynekologie a urogynekologie.

Gynekologická část se zaměřuje na diagnostiku a léčbu zhoubných nádorů reprodukčního systému a prsů, diagnostiku a léčbu inkontinence moči a rekonstrukci pánevního dna, diagnostické a operační laparoskopie a hysteroskopie, operační léčbu myomů, endometriózu. Klinika zajišťuje klasickou (otevřenou), laparoskopickou, ale i robotickou operativu. Zabývá se také problémy manželské neplodnosti včetně IVF, endokrinopatiemi a poruchami v klimakteriu. Gynekologická část využívá k diagnostice Centrum fetální medicíny, unikátní je UZ diagnostika zhoubných pánevních nádorů. 

Porodnická část se věnuje problematice rizikového a patologického těhotenství, zajišťuje superkonziliární péči u těhotných s diabetem, kardiopatiemi, Rh inkompatibilitou, myasthenia gravis, roztroušenou sklerózou a dalšími patologiemi v těhotenství. Hospitalizují se zde těhotné s počínajícím předčasným porodem (transport in utero). Klinika je superkonziliárním centrem pro fetální medicínu, provádí neinvazivní a invazivní prenatální diagnostiku a terapii plodu v celé šíři této disciplíny, je superkonziliárním a referenčním centrem pro ultrazvukovou diagnostiku u plodů.

Neonatologická část kliniky zajišťuje kompletní péči o novorozence a je superkonziliárním centrem pro nezralé novorozence především v nejnižších váhových kategoriích. Svojí kapacitou a rozsahem poskytované péče patří k největším v České republice. Na pracovišti se poskytuje nejvyšší stupeň péče o novorozence. Koncentrují se zde novorozenci velmi nízké porodní hmotnosti (p.h. < 1500g) z regionu Praha a Střední Čechy a novorozenci extrémně nízké porodní hmotnosti (p.h. < 1000g) z celé České republiky, dále novorozenci se závažnými stupni hemolytické nemoci na podkladě Rh izoimunizace, hydropické plody, novorozenci s fluidothoraxem, nejzávažnější stupně intrauterinní růstové retardace, novorozenci matek po transplantaci orgánů a matek s abusem drog. Centrum nekonvenční plicní ventilace novorozenců řeší závažné případy respiračního selhání u novorozenců z celé ČR. Incidence bronchopulmonální dysplasie a retinopatie nezralých poklesla na hodnoty, které jsou prozatím ve světových centrech dosahovány ojediněle.