Ústav je komplexní pracoviště v oboru patologie, zajišťující veškerá autoptická, bioptická a cytologická vyšetření za použití speciálních metodik imunohistochemie, elektronové mikroskopie, morfometrie a molekulární patologie. Mimo základní patomorfologickou diagnostiku je ústav výzkumně zaměřen na patologii pohybového aparátu, zažívacího traktu, urogenitálního traktu, kůže, krvetvorby, nefropatologii a patologii mammy. Kromě průběžně doplňovaných nových metod pro imunohistochemická vyšetření je systematicky rozvíjena oblast molekulárně patologické diagnostiky.

Pracovníci ústavu provedou během roku bioptická vyšetření u cca 25 000 pacientů, cytologická vyšetření u 10 000 pacientů. Na ústavu je prováděno cca 600 pitev zemřelých.