Vědecká činnost v oblasti aplikovaného zdravotnického výzkumu a spolupráce v oblasti základního biomedicínského výzkumu patří k hlavním činnostem VFN.

Výzkumná činnost je zaměřena na významná a častá onemocnění s velkým dopadem na zdravotní stav obyvatelstva. Jedná se zejména o kardiovaskulární a metabolická onemocnění (např. regenerace srdečního svalu při infarktu, výzkum v oblasti diabetes mellitus), onkologický výzkum (např. molekulární podklady vzniku nádorů, farmakogenomika), neurovědní výzkum (např. vznik neurodegenerativních nemocí), výzkum v oblasti péče o matku a dítě (neonatologie a perinatologie), komplexní výzkum v oblasti dědičných metabolických chorob.

Vzdělávání ve VFN v Praze se v souladu s organizačním řádem odvíjí od kapacity personálního a prostorového zabezpečení této činnosti vzhledem k realizaci vzdělávacích akcí daných zřizovatelem (Ministerstvem zdravotnictví České republiky) a z příslušných zákonných ustanovení – ze Zákona č. 95/2004 Sb., o podmínkách získávání a uznávání odborné způsobilosti a specializované způsobilosti a Zákona č. 96/2004 Sb., o podmínkách získávání a uznávání způsobilosti k výkonu nelékařských zdravotnických povolání. Předpokladem vysoké úrovně zdravotní péče je soustavné zvyšování odborných znalostí jak ve vývojové tendenci medicíny, tak v ošetřovatelské péči. Zdravotničtí pracovníci jednotlivých kategorií (lékaři, farmaceuti, vysokoškoláci nelékaři a ostatní pracovníci nelékařských zdravotnických povolání) vykonávají činnost v oborech, pro něž získali způsobilost k výkonu povolání dle předepsaných náplní.